Do 31. 5. 1999 bol ústav sídlom Vedeckého kolégia SAV pre matematiku a teoretickú informatiku (predseda B. Riečan, tajomník A. Dvurečenskij). Od 1. 6. 1999 vzniklo nové Vedeckého kolégia SAV pre matematiku, fyziku a informatiku. Ďalej bol ústav sídlom Vedeckej rady pre matematiku pri JSMF (tajomník Ľ. Holá).

Ústav je sídlom Komisie DrSc pre odbor Teoretická informatika (predseda J. Hromkovič).

Ústav má tesnú väzbu na JSMF, je sídlom ÚV JSMF, pobočky JSMF Bratislava 1 a redakčnej rady Obzorov matematiky, fyziky a informatiky. Významne zasiahol do reedície gymnaziálnych učebníc ako aj tvorby nových učebníc pre základné i stredné školy, dôležitú úlohu hrá pri výchove matematických talentov. Inou aktivitou bola súčinnosť pri činnosti Slovenskej matematickej spoločnosti ako aj vrcholného vedeckého orgánu slovenskej matematiky Vedeckej rady pre matematiku pri JSMF.

Ústav vydáva, resp. spoluvydáva 3 vedecké časopisy a je spoluvydavateľom Obzorov matematiky, fyziky a informatiky, ktorý je zameraný na vyučovanie matematiky na základných a stredných školách a  vychádza už 27 rokov.

Najväčšiu tradíciu má Mathematica Slovaca, časopis vydávaný už 50 rokov; je to medzinárodný (medzinárodná redakčná rada má 43 členov, z toho 22 zahraničných) a recenzovaný (currentovaný AMS) časopis. Po obsahovej stránke tento časopis uverejňuje články zo všetkých oblastí matematického výskumu. Ústav získava (predajom, resp. výmenou) za tento časopis významnú časť svojich informačných zdrojov.

Ďalší časopis vydávaný ústavom Tatra Mountains Mathematical Publications vznikol v r. 1992 a vydávame ho v spolupráci s niektorými vysokými školami. Publikujú sa v ňom pôvodné vedecké články zo všetkých oblastí matematického výskumu, hlavne však súbory prác venované jednému okruhu problémov a zborníky prác z medzinárodných konferencií. Časopis má medzinárodnú redakčnú radu (42 členov, z toho 9 zahraničných). Aj tento časopis je recenzovaný a currentovaný. Doteraz vyšlo 18 zväzkov. Od zväzku 15 je časopis zaradený do Current Contents (ISI, Philadelphia).

Ústav je sídlom slovenskej časti redakcie významného svetového referatívneho časopisu Zentralblatt MATH. Redakčne pripravuje abstrakty dohodnutých periodík. Zapája sa tak do celoeurópskej spolupráce a získava prístup do významnej databázy matematických poznatkov.

Oddelenie informatiky MÚ SAV sa podiela na vydávaní časopisu Computers and Artificial Intelligence. Je to medzinárodný (medzinárodná redakčná rada má 40 členov, z toho 35 zahraničných), recenzovaný a currentovaný časopis. Od svojho začiatku v r. 1982 slúži ako most, ktorý prepája oblasť tradičnej computer science a oblasť umelej inteligencie umožňujúc vzájomné obohatenie a integráciu myšlienok. Je jediným časopisom svojho druhu v rámci SR a ČR.

Vydávanie (resp. spolupráca pri vydávaní) uvedených časopisov spolu s udržiavaním časopiseckej i knižnej vedeckej knižnice je popri vedeckej produkcii azda najvýznamnejšou aktivitou, ktorou ústav prispieva tak do pokladnice národnej kultúry ako aj medzinárodnej vedeckej spolupráce a vzájomného porozumenia.

V roku 1999 pokračoval ústav vo vydávaní preprintovej série vedeckých prác i pracovníkov MÚ SAV, ktorá je prístupná aj na Internete, na domovskej stránke Matematického ústavu SAV http://www.mat.savba.sk. V roku 1998 bolo vydaných 21 preprintov.