Najvážnejšie problémy pracoviska ako aj celej SAV stále vidíme v nedostatkoch v spôsobe financovania. Prvá oblasť je grantový systém financovania vedeckých projektov. Tento systém veľmi pozitívne zasiahol do transformácie SAV. Jeho vplyv sa ale stále zoslabuje. V roku 1999 boli prostriedky na grantové projekty Matematického ústavu SAV vo výške 705 tisíc Sk oproti 861 tisíc Sk v roku 1998 (oproti 390 tisíc Sk v roku 1997 a 909 tisíc Sk v roku 1996). Podľa nášho názoru je treba posilniť grantový systém finančne a prísne dodržiavať nezávislosť a definitívnosť odborného posudzovania jednotlivých projektov. Výšku grantových prostriedkov je potrebné viac 5 násobne zvýšiť a pridelovať ich z vonkajších a nie z vnútroakademických zdrojov.

Znova zdôrazňujeme, že aby mohol celý systém efektívne fungovať je potrebné, aby inštitucionálna zložka rozpočtu postačovala na pokrytie základných potrieb pracoviska. Rozpočet na bežné výdavky pracoviska (vrátane nákladov na výdávanie časopisov) predstavoval menej ako 10% jeho celkových výdavkov, čo je úplne nedostačujúce. Zodpovedajúca výška je cca 100 % mzdových nákladov (v tom sú už zahrnuté aj náklady na literatúru a časopisy).

Ďalší problém je stále v akútnom nedostatku investičných prostriedkov. Už niekoľko rokov nie sú obnovované základné prostriedky, v našom prípade počítačové vybavenie. Vybavenie ako ústavu, tak aj Úradu Predsedníctva SAV je zastaralé a nezodpovedá potrebám a postaveniu Matematického ústavu SAV ako aj Slovenskej akadémie vied vcelku. Navyše rôznym spôsobom financovania rozpočtových a príspevkových organizácií dochádza ku nerovnomernému vývoju v tejto oblasti. Ďalšie znižovanie investícií a VNV výdavkov môže v krátkom čase viesť ku kolapsu celého systému financovania základného výskumu v SAV. Pri nákladoch rádove dvestotisíc korún na jedného pracovníka ročne je nepresvedčivé a zdravým rozumom neakceptovateľné, že nie je možné mu dať k dispozícii počítač za cca 40 tisíc korún ročne, ktorý môže zmnohonásobiť jeho administratívnu výkonnosť.

Za tejto situácie je potrebné zasadiť sa o prijatie zákona o SAV a zabezpečiť legislatívne funkčnosť vedeckých a výskumných pracovísk. Spolupráca s praxou za súčasných legislatívnych podmienok je veľmi obtiažna.

Napriek posilneniu pripojenia budovy ÚP SAV a Matematického ústavu SAV na internet pretrváva problém informačného vybavenia SAV ako celku a aj jednotlivých ústavov. Spôsob vybavovania administratívnej agendy a ukladania informácií je potrebné stále viac orientovať na formát HTML a využívanie WEBovských stránok. Predsedníctvo SAV by malo prijať pracovníkov, ktorí by zabezpečili využitie týchto možností.

Navrhujeme prechod výročných správ pracovísk SAV do formátu HTML a ich zverejnenie.

Pre zvýšenie prílevu mladých pracovníkov do SAV by sa mala SAV angažovať na najvyššej úrovni o prijatie štátnych programov na riešenie bytovej situácie mladých pracovníkov. Napríklad vo forme podpory prijatia akceptovateľných hypotekárnych úverov a podobne.

Považujeme za potrebné intenzívne sa zaoberať zvyšovaním vedeckej kvalifikácie pracovníkov SAV. Nevyhnutné je, aby uchádzači (hlavne mladší) boli posudzovaní prísne, ale výhradne na odbornej báze a nie nie na základe formálnych a orientačných kritérií. Komisie pre obhajoby doktorských prác (DrSc.) by mali aktívne vystupovať pri obhajobách, aby uchádzači ktorí splňujú najvyššie odborné kritériá úspešne obhájili hodnosť a aby takto došlo aj ku omladeniu najvyššej vedeckej komunity.