Rozvoj spolupráce s rezortami je skomplikovaný tým, že opatrenia Predsedníctva SAV nepodporujú rozpočtové pracoviská v tejto oblasti. Konkrétne, nekompenzujú odvody na príjmový účet štátneho rozpočtu v plnej miere tak, ako tomu bolo do roku 1997. Zhruba 50% týchto prostriedkov (v roku 1998 to má byť 30%) sa nekompenzuje. V praxi to znamená 30 až 50% odvodov z obratu v úlohe, čo nedáva žiaden zmysel a brzdí a komplikuje aj predchádzajúce spolupráce. Maximálne odvody z takýchto projektov v budúcnosti, pokiaľ budú stanovené z celkového obratu úlohy, nemôžu prekročiť 5%. Minuloročný prístup vyžaduje komplikované zmluvné vzťahy s praxou a stavia pracoviská SAV do nerovnoprávneho postavenia.