Úlohou Matematického ústavu SAV je v prvom rade vykonávanie základného výskumu v oblasti matematiky. Prenášanie výsledkov základného výskumu do praxe je však nemenej dôležité a je podporované nielen v rámci Slovenska, ale aj celej Európskej únie.

Matematický ústav SAV začal spolupracovať so Slovenským plynárenským podnikom, vtedajšou divíziou Slovtransgas, v roku 1997. Úlohou bolo vytvoriť počítačový program pre nachádzanie optimálnych nastavení tranzitnej sústavy podľa zadaných kritérií. Túto úlohu sa podarilo splniť, program MARTI sa stal trvalou súčasťou rozhodovacích procesov pri riadení prevádzky tranzitného plynovodu.

Krátku ročnú prestávku v spolupráci s SPP využili pracovníci Matematického ústavu na vytvorenie softvéru KTM na spracovanie výsledkov dopravných prieskumov.

Pri reálnej prevádzke nie je prúdenie plynu ustálené, ale sa neustále mení – či už zmenou prúdenia na hraniciach uvažovanej sústavy, zmenami v nastavení kompresorových staníc, otvorením alebo zatvorením ventilov, zmenami teplotných pomerov a podobne. Preto ďalším prirodzeným krokom bola požiadavka na vývoj simulátora prúdenia reálneho plynu. SPP spolu s Matematickým ústavom nadviazali spoluprácu s Ústavom experimentálnej fyziky v Sarove, v Rusku, ktorý vyvinul moduly pre presné simulovanie prúdenia plynu. Kvôli nepostačujúcej rýchlosti takejto simulácie pracoval Matematický ústav SAV paralelne na vývoji simulátora, ktorý sa stal základom on-line dynamických simulácií, ako aj všetkých modulov využívajúcich dynamické simulácie prúdenia plynu v aplikácii MARTI Studio.

Od roku 2003 začal spolupracovať Matematický ústav SAV s firmou ttc (neskôr CSE-Servelec, potom CSE-Controls, neskôr znovu ttc), ktorá sa zaoberala detekciou a lokalizáciou únikov kvapalín z produktovodov. V rámci spolupráce vznikol modul aplikácie MARTI Studio, slúžiaci na sledovanie únikov plynu z plynárenských potrubí. Odskúšaný bol na etylénovode v Českej republike (2003–2004), kde sa robili reálne odbery pomocou spaľovania etylénu. Pod názvom PipeMan MARTI je v súčasnosti nasadzovaný pri preprave zemného plynu napr. v Jemene (od r. 2008) či Veľkej Británii (2009).

Zo skupiny pracovníkov Matematického ústavu, ktorá pracuje v oblasti aplikovanej matematiky, sa sformovalo od začiatku v roku 2009  Oddelenie aplikovanej matematiky.